ترجع جذور تأسيس المعهد العالي لتاريخ تونس المعاصر إلى أكتوبر 1979 عندما تمّ بعث البرنامج القومي للبحث حول تاريخ الحركة الوطنية

الذي تطوّر لاحقا في شكل مؤسّسة جامعية هي "المعهد الأعلى لتاريخ الحركة الوطنية" بمقتضى القانون عدد 89 لسنة 1989 المؤرخ في 16 نوفمبر 1989 وضبط مهامه الأمر الرئاسي عدد 633 لسنة 1990 المؤرخ في 16 أفريل 1990 ويتبع المعهد جامعة منوبة منذ إنشائها سنة 2000.

وفي 2014، تغيّرت تسمية المعهد بموجب أمر عدد 1678 لسنة 2014 مؤرّخ في 8 ماي 2014 إلى المعهد العالي لتاريخ تونس المعاصر. يحتفظ المعهد العالي لتاريخ تونس المعاصر بمجموعة هامّة من بكرات تحتوي على وثائق مستنسخة من مراكز أرشيفية فرنسية وكذا بالشهادات الشفوية وصور تاريخية إضافة إلى أرشيفات خاصّة، كما يحتوي على مكتبة مفتوحة للباحثين وسائر المستفيدين الراغبين في القيام ببحوث في مجالات الإهتمام التي يوفّرها المعهد لهم.